Su hábitat natural son los ríos, riachuelos, pantanos y esteros de Paraguay, Uruguay, Brasil y Argentina, donde predomina el clima cálido y abundantes lluvias.
Está perfectamente adaptado a la vida acuática. Posee tres sentidos alineados en los ojos, las fosas nasales y los oídos, lo que le permite mantenerse fuera del agua, mientas que el resto de su cuerpo permanece sumergido. Los movimientos laterales de la cola y las patas posteriores permiten que se desplace, fácilmente, por el agua. Es carnívoro aunque, ocasionalmente, suele alimentarse de carroña. Sus presas habituales son caracoles, insectos, sapos, cangrejos, serpientes y peces. Raras veces se alimenta de aves y mamíferos. Sus predadores naturales son la garza mora, la cigüeña americana, el yabirú y el hocó colorado (para las crías), la boa curiyú (para los juveniles) y el yaguareté (para los adultos).
El número de poblaciones de yacarés ha disminuido a partir del momento en que el hombre inició la caza de esta especie en busca de sus cueros, los cuales son utilizados por la industria talabartera.